O primeiro director, o pintor Carlos Reis, teve uma actuação discreta. A sua nomeação vinha inesperadamente consolidar uma opção conservadora em relação aos jovens artistas radicados em Paris. O museu ocupava então três salas do actual espaço e a sua entrada fazia-se pela Academia de Belas-Artes. Em 1914, o pintor Columbano Bordalo Pinheiro assumiu a direcção dando continuidade e amplo desenvolvimento à linha tradicionalista anteriormente iniciada, resistindo às manifestações de desagrado que a geração modernista então sediada na Brasileira do Chiado exprimia. Durante a sua direcção, até 1929, o museu foi ampliado em mais algumas salas, sendo uma delas dedicada à escultura. Foi o pintor Adriano de Sousa Lopes, indicado por Columbano como o único, de entre as jovens gerações, capaz de lhe suceder, a dar continuidade ao seu projecto e introduzir moderadamente algumas situações modernas que ele mesmo não poderia aceitar. Até 1944 Sousa Lopes revelar-se-ia um director mais ousado do que seria previsível. É neste período que finalmente a geração modernista começa a ter entrada nas colecções do museu e que são adquiridas importantes esculturas de Rodin, Bourdelle e Joseph Bernard. Também neste período o museu cresceu incorporando o contíguo atelier de Columbano Bordalo Pinheiro na Escola de Belas-Artes, abrindo assim uma nova sala dedicada ao pintor.