Com o incêndio do Chiado, em Agosto de 1988, ainda que o fogo não tenha atingido o museu, as obras de arte foram retiradas como medida cautelar. Decidiu a então Secretaria de Estado da Cultura, Teresa Gouveia, que o destino das instalações deveria ser repensado. O governo francês ofereceu um projecto de renovação dos espaços da autoria do arquitecto Jean-Michel Wilmotte que, com uma equipa dirigida pela historiadora de arte Raquel Henriques da Silva, redefiniu o museu tal como se apresenta desde a sua reinauguração em 12 de Julho de 1994.
O projecto arquitectónico procurou integrar os espaços existentes de relevância histórica com uma linguagem neomoderna, valorizadora da autonomia dos planos que constituem as passagens suspensas, o próprio chão e os tectos ou as súbitas paredes que definem grandes verticalidades. Com uma original e económica paleta de materiais e cor, a sua sobriedade discreta dialoga plenamente com as funções do edifício.
Quando o museu reabriu um catálogo intitulado Museu do Chiado, Arte Portuguesa 1850-1950, da autoria de Pedro Lapa, Raquel Henriques da Silva e Maria de Aires Silveira, apresentava os núcleos mais consistentes e coerentes da extensa colecção, superior a duas mil espécies, com estudos individualizados de cada obra, bem como as respectivas bibliografia e historial. Dada a ineficácia do acervo em representar condignamente a segunda metade do século XX, a atenção da política de aquisições centrou-se nas obras seminais dos movimentos desse período. Um programa de exposições temporárias sistemático e organizado em torno dos artistas nacionais revelados nas décadas menos bem representadas na colecção foi posto em prática a par de uma grande ênfase nos estudos e investigações apresentados nos respectivos catálogos. Um programa de arte contemporânea dirigido aos artistas em fase de revelação, que realizaram os seus trabalhos a partir de interpretações da colecção do museu, foi activado e permitiu a aquisição de variadas obras que iniciaram uma actualização da colecção relativamente à contemporaneidade. Desde a reabertura a insuficiência de espaço, quer para a colecção, quer para as exposições temporárias foi um facto notório.