Em final de 1998 Pedro Lapa, que integrara a equipa de reorganização do museu, assumiu a sua direcção. O programa de exposições temporárias ganhou maior destaque e passou a articular-se em quatro áreas específicas, directa ou indirectamente relacionadas com o âmbito cronológico da colecção. Assim deu-se início a um conjunto de exposições de carácter retrospectivo sobre artistas portugueses do século XIX; foram também continuadas as grandes retrospectivas de movimentos ou artistas modernistas portugueses, tendo sido realizado o primeiro catálogo raisonné sobre um artista português, Joaquim Rodrigo; paralelamente os nomes e movimentos que formaram as vanguardas históricas foram objecto de exposições amplas em co-produção com outros prestigiados museus internacionais; o programa Interferências (1998-2002) corria paralelamente às referidas exposições e apresentava trabalhos especificamente produzidos para o efeito por artistas contemporâneos nacionais e internacionais. Outro aspecto a que este programa dava especial relevância era a natureza das publicações que acompanhavam as exposições e que apresentavam um profundo desenvolvimento científico e ensaístico.
A política de aquisições tem-se desenvolvido em dois sentidos de forma a colmatar as referidas lacunas da colecção, sendo que as décadas de 1950 e 1960 encontram já muito significativas representações, bem como a década de 1990. Foi também dado início à integração na colecção de outros géneros artísticos, como sejam a fotografia e o vídeo, que constituem suportes de grande recorrência nas práticas artísticas contemporâneas. Para este efeito em muito contribuíram as participações de alguns mecenas mais empenhados neste processo de devolver ao Museu Nacional de Arte Contemporânea - Museu do Chiado a propriedade da sua designação.
A ausência de espaço tem-se revelado como um dos factores mais constrangedores de toda a diversidade de actividades que o museu procura desenvolver, seja a possibilidade de apresentar com carácter de continuidade as suas colecções, seja a de desenvolver exposições temporárias com a escala desejada ou ainda actividades pedagógicas, todas estas dimensões da actividade museográfica encontram limitações cuja resolução tem tardado.